
Mapa da América do Sul de 1575
A História do Brasil é um domínio de estudos de História focado na evolução do território e da sociedade brasileiros que, canonicamente, se estende desde a chegada dos portugueses, em 1500, até os dias atuais. No entanto, este artigo também contém informações sobre a pré-história do Brasil, ou seja, o período em que não houve registros escritos sobre as atividades aqui desenvolvidas pelos povos indígenas.
A periodização tradicional divide a História do Brasil normalmente em quatro períodos gerais: Pré-Descobrimento (até 1500), Colônia (1500 a 1822), Império (1822 a 1889) e República (de 1889 aos dias atuais).
Quando descoberto pelos portugueses em 1500, estima-se que o atual território do Brasil (a costa oriental da America do Sul), era habitado por 2 milhões de indígenas, do norte ao sul.
A população ameríndia era repartida em grandes nações indígenas compostas por vários grupos étnicos entre os quais se destacam os grandes grupos tupi-guarani, jê e aruaque. Os primeiros eram subdivididos em guaranis, tupiniquins e tupinambás, entre inúmeros outros. Os tupis se espalhavam do atual Rio Grande do Sul ao Rio Grande do Norte de hoje. Segundo Luís da Câmara Cascudo[1], os tupis foram «a primeira raça indígena que teve contacto com o colonizador e (…) decorrentemente a de maior presença, com influência no mameluco, no mestiço, no luso-brasileiro que nascia e no europeu que se fixava». A influência tupi se deu na alimentação, no idioma, nos processos agrícolas, de caça e pesca, nas superstições, costumes, folclore, como explica Cascudo:
«O tupi era a raça histórica, estudada pelos missionários, dando a tropa auxiliar, recebendo o batismo e ajudando o conquistador a expulsar inimigos de sua terra. (…) Eram os artífices da rede de dormir, criadores da farinha de mandioca, farinha de pau, do complexo da goma de mandioca, das bebidas de frutas e raízes, da carne e peixe moqueados, elementos que possibilitaram o avanço branco pelo sertão».
Do lado europeu, a descoberta do Brasil foi precedida por vários tratados entre Portugal e Espanha, estabelecendo limites e dividindo o mundo já descoberto do mundo ainda por descobrir.
Destes acordos assinados à distância da terra atribuída, o Tratado de Tordesilhas (1494) é o mais importante, por definir as porções do globo que caberiam a Portugal no período em que o Brasil foi colônia portuguesa. Estabeleciam suas cláusulas que as terras a leste de um meridiano imaginário que passaria a 370 léguas marítimas a oeste das ilhas de Cabo Verde pertenceriam ao rei de Portugal, enquanto as terras a oeste seriam posse dos reis de Castela (atualmente Espanha). No atual território do Brasil, a linha atravessava de norte a sul, da atual cidade de Belém do Pará à atual Laguna, em Santa Catarina.
Quando soube do tratado, o rei de França Francisco I teria indagado qual era "a cláusula do testamento de Adão" que dividia o planeta entre os reis de Portugal e Espanha e o excluía da partilha.

Mapa do Brasil no século XVI
No dia 9 de março de 1500, o fidalgo português Pedro Álvares Cabral, saindo de Lisboa, iniciou viagem para oficialmente descobrir e tomar posse das novas terras para a Coroa, e depois seguir viagem para a Índia (contornando a África para chegar a Calicute). Levava duas caravelas e 13 naus, e de 1.200 a 1.500 homens - entre os mais experientes Nicolau Coelho, que acabava de regressar da Índia; Bartolomeu Dias, que descobrira o cabo da Boa Esperança, e seu irmão Diogo Dias (que mais tarde Pero Vaz de Caminha descreveria dançando na praia em Porto Seguro com os índios, « ao jeito deles e ao som de uma gaita»). As principais naus se chamavam Anunciada, São Pedro, Espírito Santo, El-Rei, Santa Cruz, Fror de la Mar, Victoria e Trindade (RIBEIRO, «História do Brasil», pág.43). O vice-comandante da frota era Sancho de Tovar e outros capitães eram Simão de Miranda, Aires Gomes da Silva, Nuno Leitão, Vasco de Ataíde, Pero Dias, Gaspar de Lemos, Luís Pires, Simão de Pina, Pedro de Ataíde, de alcunha o inferno, além dos já citados Nicolau Coelho e Bartolomeu Dias. Por feitor, a armada trazia Aires Correa, que havia de ficar na Índia, e por escrivães Gonçalo Gil Barbosa e Pero Vaz de Caminha. Entre os pilotos, que eram os verdadeiros navegadores, vinham Afonso Lopes e Pero Escobar. Diz a Crônica do Sereníssimo Rei D. Manuel I:
«E, porque el Rei sempre foi mui inclinado às coisas que tocavam a nossa Santa fé católica, mandou nesta armada oito frades da ordem de S. Francisco, homens letrados, de que era Vigário frei Henrique, que depois foi confessor del Rei e Bispo de Ceuta, os quais como oito capelães e um vigário, ordenou que ficassem em Calecut, para administrarem os sacramentos aos portugueses e aos da terra se se quisessem converter à fé.»
Âncoras levantadas em Lisboa, a frota passou por São Nicolau, no arquipélago de Cabo Verde, em 16 de março. Tinham-se afastado da costa africana perto das Canárias, tocados pelos ventos alísios em direção ao ocidente. Em 21 de abril, da nau capitânea avistaram-se no mar, boiando, plantas. Mais tarde surgiram pássaros marítimos, sinais de terra próxima. Ao amanhecer de 22 de abril ouviu-se um grito de "terra à vista", pois se avistou o monte que Cabral batizou de Monte Pascoal, no litoral sul da atual Bahia.
Ali aportaram as naus, discutindo-se até hoje se teria sido exatamente em Porto Seguro ou em Santa Cruz Cabrália, e fizeram contato com os tupiniquins, indígenas pacíficos. A terra, a que os nativos chamavam Pindorama ("terra das palmeiras"), foi a princípio chamada pelos portugueses de Ilha de Santa Cruz e nela foi erguido um padrão (marco de posse em nome da Coroa Portuguesa). Mais tarde, a terra seria rebatizada como Terra de Vera Cruz e posteriormente Brasil. Estava situada 5.000km ao sul das terras descobertas por Cristóvão Colombo em 1492 e 1 400 quilômetros aquém da Linha de Tordesilhas. Sérgio Buarque de Holanda descreve, em História Geral da Civilização Brasileira:
«Tendo velejado para o norte, acharam dez léguas mais adiante um arrecife com porto dentro, muito seguro. No dia seguinte, sábado, entraram os navios no porto e ancoraram mais perto da terra. O lugar, que todos acharam deleitoso, proporcionava boa ancoragem e podia abrigar mais de 200 embarcações. Alguma gente de bordo foi à terra, mas não pode entender a algaravia dos habitantes, diferente de todas as línguas conhecidas».
No dia 26 de abril, um domingo (o de Pascoela), foi oficiada a primeira missa no solo brasileiro por frei Henrique Soares (ou frei Henrique de Coimbra), que pregou sobre o Evangelho do dia. Batizaram a terra como Ilha da Vera Cruz no dia 1 de maio e numa segunda missa Cabral tomou posse das terras em nome do rei de Portugal. No mesmo dia, os navios partiram, deixando na terra pelo menos dois degredados e dois grumetes que haviam fugido de bordo. Cabral partiu para a Índia pela via certa que sabia existir a partir da costa brasileira, isto é, cruzou outra vez o Oceano Atlântico e costeou a África.
O rei D. Manuel I recebeu notícia do descobrimento por cartas escritas por Mestre João e Pero Vaz de Caminha, semanas depois. Tranportadas na nau de Gaspar de Lemos, as cartas descreviam de forma pormenorizada as condições geográficas e seus habitantes, desde então chamados de índios. Atento aos objetivos da Coroa na expansão marítima, Caminha informava ao rei:
«Nela até agora não podemos saber que haja ouro nem prata, nem alguma coisa de metal nem de ferro lho vimos; pero a terra em si é de muitos bons ares, assi frios e temperados como os d'antre Doiro e Minho, porque neste tempo de agora assi os achamos como os de lá; águas são muitas infindas e em tal maneira é graciosa, que querendo aproveitar-se dar-se-á nela tudo por bem das águas que tem; pero o melhor fruto que nela se pode fazer me parece que será salvar esta gente (...) boa e de boa simplicidade».
Damião de Góis narra o descobrimento em sua língua renascentista:
«Navegando a loeste, aos xxiiij dias do mes Dabril viram terra, do que forão muito alegres, porque polo rumo em que jazia, vião não ser nenhuma das que até então eram descubertas. Padralures Cabral fez rosto para aquela banda & como forão bem à vista, mandou ao seu mestre que no esquife fosse a terra, o qual tornou logo com novas de ser muito fresca & viçosa, dizendo que vira andar gente baça & nua pela praia, de cabelo comprido & corredio, com arcos & frechas nas mãos, pelo que mandou alguns dos capitães que fossem com os bateis armados ver se isto era assi, os quaes sem sairem em terra tornaram à capitaina afirmando ser verdade o que o mestre dixera. Estando já sobrancora se alevantou de noite hum temporal, com que correram de longo da costa ate tomarem hum porto muito bom, onde Pedralures surgio com as outras naos & por ser tal lhe pos nome Porto Seguro».
Além das cartas acima mencionadas, outro importante documento sobre o descobrimento do Brasil é o Relato do Piloto Anônimo.
De início, a descoberta da nova terra foi mantida em sigilo pelo Rei de Portugal. O resto do mundo passou a conhecer o Brasil desde pelo menos 1507, quando a terra apareceu com o nome de América na carta (mapa) de Martin Waldseemüller, no qual está assinalado na costa o Porto Seguro[2].
A controvérsia sobre o descobrimento será estudada em verbete à parte, dada sua extensão.
Em 1501, uma grande expedição exploratória, a primeira frota de reconhecimento, com três naus, encontrou como recurso explorável apenas o pau-brasil (madeira avermelhada e valiosa usada na tinturaria européia), mas fez um levantamento da costa. Comandada por Gaspar de Lemos, a viagem teve início em 10 de maio de 1501 e findaria com o retorno a Lisboa em 7 de setembro de 1502, depois de percorrer a costa e dar nome aos principais acidentes geográficos. Sobre o comandante, podem ter sido D. Nuno Manuel, André Gonçalves, Fernão de Noronha, Gonçalo Coelho ou Gaspar de Lemos, sendo este último o nome mais aceito. Em 1501, no dia 1 de novembro, foi descoberta a Baía de Todos os Santos, na atual Bahia, local que mais tarde seria escolhido por D. João III para abrigar a sede da administração colonial.
Alguns historiadores negam a hipótese de Gonçalo Coelho, que só teria partido de Lisboa em 1502. O Barão do Rio Branco, em suas Efemérides, fixa-se em André Gonçalves, que é a versão mais comumente aceita. Mas André Gonçalves fazia parte da armada de Cabral, que retornou a Lisboa quando a expedição de 1501 já partira para o Brasil e com ela cruzou na altura do arquipélago de Cabo Verde.
Assim, diversos historiadores optam por Gaspar de Lemos, que entre junho e julho de 1500 havia chegado a Portugal com a notícia do descobrimento. O florentino Américo Vespúcio vinha como piloto na frota (e por seu nome seria batizado todo o continente, mais tarde). Depois de 67 dias de viagem, em 16 de agosto, a frota alcançou o que hoje é o Cabo de São Roque (Paraíba) e, segundo Câmara Cascudo, ali plantou o marco de posse mais antigo do Brasil. Houve, na ocasião, contatos entre portugueses e os índios potiguares.
Ao longo das expedições, os portugueses costumavam batizar os acidentes geográficos segundo o calendário com os nomes dos santos dos dias, ignorando os nomes locais dados pelos nativos. Em 1 de novembro (Dia de Todos os Santos), chegaram à Baía de Todos os Santos, em 21 de dezembro (dia de São Tomé) ao Cabo de São Tomé, em 1 de janeiro de 1502 à Baía da Guanabara (por isso batizada de "Rio de Janeiro") e no dia 6 de janeiro (Dia de Reis) à angra (baía) batizada como Angra dos Reis. Outros lugares descobertos foram a foz do rio São Francisco e o Cabo Frio, entre vários.
As três naus que chegaram à Guanabara eram comandadas por Gonçalo Coelho, e nela vinha Vespúcio. Tomando a estreita entrada da barra pela foz de um rio, chamaram-na Rio de Janeiro, nome que se estendeu à cidade de São Sebastião que ali se ergueria mais tarde.
Em 1503 houve nova expedição, desta vez comandada (sem controvérsias) por Gonçalo Coelho, sem ser estabelecido qualquer assentamento ou feitoria. Foi organizada em função um contrato do rei com um grupo de comerciantes de Lisboa para extrair o pau-brasil. Trazia novamente Vespúcio e seis navios. Partiu em maio de Lisboa, esteve em agosto na ilha de Fernando de Noronha e ali afundou a nau capitânia, dispersando-se a armada. Vespúcio pode ter ido para a Bahia, passado seis meses em Cabo Frio, onde fez entrada de 40 léguas terra adentro. Ali teria deixado 24 homens com mantimentos para seis meses. Coelho, ao que parece, esteve recolhido na região onde se fundaria depois a cidade do Rio de Janeiro, possivelmente durante dois ou três anos.
Nessa ocasião, Vespúcio, a serviço de Portugal, retornou ao maior porto natural da costa brasileira, a Baía de Todos os Santos. Durante as três primeiras décadas, o litoral baiano, com suas inúmeras enseadas, serviu fundamentalmente como apoio à rota da Índia, cujo comércio de produtos de luxo – seda, tapetes, porcelana e especiarias – era mais vantajoso que os produtos oferecidos pela nova colônia. Nos pequenos e grandes portos naturais baianos, em especial no de Todos os Santos, as frotas se abasteciam de água e de lenha e aproveitavam para fazer pequenos reparos.
No Rio de Janeiro, alguns navios aportaram no local que os índios chamavam de Uruçu-Mirim, a atual praia do Flamengo. Junto à foz do rio Carioca (outrora abundante fonte de água doce) foram erguidas uma casa de pedra e um arraial, deixando-se no local degredados e galinhas. A construção inspirou o nome que os índios deram ao local (cari-oca, "casa dos brancos"), que passaria a ser o gentílico da cidade do Rio. O arraial, no entanto, foi logo destruído. Outras esquadras passariam pela Guanabara: a de Cristóvão Jacques, em 1516; a de Fernão de Magalhães (que chamou o local de Baía de Santa Luzia), em 1519, na primeira circunavegação do mundo; outra vez a de Jacques, em 1526, e a de Martim Afonso de Sousa, em 1531.
Outras expedições ao litoral brasileiro podem ter ocorrido, já que desde 1504 são assinaladas atividades de corsários. Holanda, em Raízes do Brasil, cita o capitão francês Paulmier de Gonneville, de Honfleur, que permaneceu seis meses no litoral de Santa Catarina. A atividade de navegadores não-portugueses se inspirava doutrina da liberdade dos mares, expressada por Hugo Grotius em Mare liberum, base da reação européia contra Espanha e Portugal, gerando pirataria alargada pelos mares do planeta.
O pau-brasil (que os índios chamavam de ibirapitanga) era a principal riqueza de crescente demanda na Europa. Estima-se que havia, na época do descobrimento, mais de 70 milhões de árvores do tipo, abundando numa faixa de 18km do litoral do Rio Grande do Norte até a Guanabara. Quase todas foram derrubadas e levadas para a Europa. A extração foi tanta que atualmente a espécie é protegida para não sofrer extinção.
Para explorar a madeira, a Coroa adotou a política de oferecer a particulares, em geral cristãos-novos, concessões de exploração do pau-brasil mediante certas condições: os concessionários deveriam mandar seus navios descobrirem 300 léguas de terra, instalar fortalezas nas terras que descobrissem, mantendo-as por três anos; do que levassem para o Reino, nada pagariam no primeiro ano, no segundo pagariam um sexto e no terceiro um quinto. Os navios ancoravam na costa, algumas dezenas de marinheiros desembarcavam e recrutavam índios para trabalhar no corte e carregamento das toras, em troca de pequenas mercadorias como roupas, colares e espelhos (prática chamada de "escambo"). Cada nau carregava em média 5.000 toras de 1,5m de comprimento e 30kg de peso.
Em 1503, toda a terra do Brasil foi arrendada pela coroa a Fernão de Noronha (ou Loronha), e outros cristãos-novos, produzindo 20 mil quintais de madeira vermelha. Segundo Capistrano de Abreu, em Capítulos da História Colonial, cada quintal era vendido em Lisboa por 21/3 ducados, mas levá-lo até lá custava apenas meio ducado. Os arrendatários pagavam 4 mil ducados à Coroa.
Comerciantes de Lisboa e do Porto enviavam embarcações à costa para contrabandearem pau-brasil, aves de plumagem colorida (papagaios, araras), peles, raízes medicinais e índios para escravizar. Surgiram, assim, as primeiras feitorias. O náufrago Diogo Álvares, o Caramuru, estabeleceu-se desde 1510 na barra da Baía de Todos os Santos, onde negociava com barcos portugueses e estrangeiros. Outra feitoria foi chamada de Aldeia Velha de Santa Cruz, próxima ao local da descoberta.
Além dos portugueses, seus rivais europeus, principalmente franceses, passaram a freqüentar a costa brasileira para contrabandear a madeira e capturar índios. Os franceses contrabandearam muito pau-brasil no litoral norte, entre a foz do rio Real e a Baía de Todos os Santos, mas não chegaram a estabelecer feitoria. Outro ponto de contrabando, sobretudo no século XVII, foi o Morro de São Paulo (Bahia). Até que Portugal estabelecesse o sistema de capitanias hereditárias, a presença mais constante na terra era dos franceses. Estimulados por seu rei, corsários passam a freqüentar a Guanabara à procura de pau-brasil e outros produtos. Ganharam a simpatia dos índios tamoios, que a eles se aliaram durante décadas contra os portugueses.
Portugal, verificando que o litoral era visitado por corsários e aventureiros estrangeiros, resolveu enviar expedições militares para defender a terra. Foram denominadas expedições guarda-costas, sendo mais marcantes as duas comandadas por Cristóvão Jacques, de 1516-1519 e 1526-1528. Suas expedições tinham caráter basicamente militar, com missão de aprisionar os navios franceses que, sem pagar tributos à coroa, retiravam grandes quantidades do pau-brasil. A iniciativa teve poucos resultados práticos, considerando a imensa extensão do litoral e, como solução, Jacques sugeriu à Coroa dar início ao povoamento.
A expedição enviada em 1530 sob a chefia de Martim Afonso de Sousa tinha por objetivos explorar melhor a costa, expulsar os franceses que rondavam o sul e as cercanias do Rio de Janeiro, e estabelecer núcleos de colonização ou feitorias, como a estabelecida em Cabo Frio. Foram fundados por esta expedição os núcleos de São Vicente e São Paulo, onde o português João Ramalho vivia como náufrago desde 1508 e casara-se com a índia Bartira, filha do cacique Tibiriçá. A presença de Ramalho, que ajudava no contato com os nativos e instalara-se na aldeia de Piratininga, foi o que inspirou Martim Afonso a instalar a vila de São Vicente perto do núcleo que viria a ser São Paulo.
A mais polêmica expedição seria a de Francisco de Orellana que, em 1535, penetrando pela foz do rio Orinoco e subindo-o, descreve que numa única viagem, em meio de um incrível emaranhado de rios e afluentes amazônicos, teria encontrado o rio Cachequerique, raríssima e incomum captura fluvial que une o rio Orinoco aos rios Negro e Amazonas.
A administração das terras ultramarinas, que a princípio fora arrendada a Fernão de Noronha, agente da Casa Fugger (1503-1511), ficou a cargo direto da Coroa, que não conseguia conter as freqüentes incursões de franceses na nova terra. Por isso, em 1516, D. Manuel I e seu Conselho criam nos Açores e na Madeira as chamadas «capitanias do mar», por analogia com as estabelecidas no Oceano Índico. O objetivo fundamental era garantir o monopólio da navegação e a política do mare clausum (mar fechado). De dois em dois anos, o capitão do mar partia com navios para realizar um cruzeiro de inspeção no litoral, defendendo-o das incursões francesas ou castelhanas. No Brasil, teriam visitado quatro armadas.
As armadas de Jacques assinaram-se com insistência no rio da Prata. Também em 1516 ocorre a primeira tentativa de colonização metódica e aproveitamento da terra com base na plantação da cana (levada de Cabo Verde) e na fabricação do açúcar. Já devia ter havido algumas tentativas de capitanias e estabelecimentos em terra, pois em 15 de julho de 1526 o rei D. Manuel I autorizou Pedro Capico, "capitão de uma capitania do Brasil", a regressar a Portugal porque "lhe era acabado o tempo de sua capitania". Talvez Jacques tenha ido buscar Capico em Porto Seguro, pois a ele era justamente atribuída a fundação de uma feitoria no local, muito antes de ser doada como capitania a Pero do Campo Tourinho. Outras capitanias incipientes podem ter existido pelo menos em Pernambuco, Porto Seguro, Rio de Janeiro e São Vicente.
«Na terra de Santa Cruz, o valor e as possibilidades de comércio não justificavam (...) organizações da mesma importância» que as feitorias de Portugal na África. «Mesmo assim, foram instaladas, quer pelos concessionários do comércio do pau-brasil, quer pelo próprio governo português, várias feitorias, postos de resgate onde se concentravam, sob o abrigo de fortificações primitivas, os artigos da terra que as naus vinham buscar. São por demais deficientes até hoje as notícias sobre estas feitorias, Igaraçu, Itamaracá, Bahia, Porto Seguro, Cabro Frio, São Vicente e outras intermediárias, que desapareciam, ora esmagadas pelo gentio, ora conquistadas pelos franceses. Mas o próprio comércio do pau-brasil é uma demonstração de sua existência, e as notícias sobre a década anterior, de 1530, salientam a preocupação do Governo português de defendê-las.» Eram assim postos de resgate de caráter temporário, estabelecimentos efêmeros, assolados por entrelopos e corsários franceses, por selvagens. Por muitos anos cessará todo o interesse de Portugal pelo Brasil. O Brasil ficou ao acaso... Colonizar a nova terra seria dispendioso, sem lucro imediato. Portugal, no auge de sua técnica de navegação, de posse de feitorias fincadas em vastíssimas costas de oceanos, não tinha recursos humanos, com uma população estimada em um milhão de habitantes. Impunha-se uma atitude predominantemente fiscal. Havia o quê? Havia macacos, papagaios, selvagens nus e primitivos. Mas havia pau-brasil...»
«depois das primeiras explorações, as terras do Brasil tornaram-se constante teatro da pirataria universal. Especuladores franceses, alemães, judeus e espanhóis aqui aportam, comerciam com o gentio ou seelvajam-se e com eles convivem em igual barbaria. Os navegadores de todos os pontos aqui se aprovisionam ou se abrigam das tempestades. Aventureiros aqui desembarcam, e vivem à ventura, na companhia de degredados e foragidos. O que procura a corte portuguesa de D. Manuel I são as riquezas do Oriente, e se alguma expedição aqui toca e se demora, (....) não é o Brasil que as atrai mas ainda a fascinação do Oriente.»

Típico engenho de cana-de-açúcar
A administração das terras ultramarinas, que a princípio fora arrendada a Fernão de Noronha, agente da Casa Fugger (1503-1511), ficou a cargo direto da Coroa, que não conseguia conter as freqüentes incursões de franceses na nova terra. Por isso, em 1516, D. Manuel I e seu Conselho criam nos Açores e na Madeira as chamadas «capitanias do mar», por analogia com as estabelecidas no Oceano Índico. O objetivo fundamental era garantir o monopólio da navegação e a política do mare clausum (mar fechado). De dois em dois anos, o capitão do mar partia com navios para realizar um cruzeiro de inspeção no litoral, defendendo-o das incursões francesas ou castelhanas. No Brasil, teriam visitado quatro armadas.
As armadas de Jacques assinaram-se com insistência no rio da Prata. Também em 1516 ocorre a primeira tentativa de colonização metódica e aproveitamento da terra com base na plantação da cana (levada de Cabo Verde) e na fabricação do açúcar. Já devia ter havido algumas tentativas de capitanias e estabelecimentos em terra, pois em 15 de julho de 1526 o rei D. Manuel I autorizou Pedro Capico, "capitão de uma capitania do Brasil", a regressar a Portugal porque "lhe era acabado o tempo de sua capitania". Talvez Jacques tenha ido buscar Capico em Porto Seguro, pois a ele era justamente atribuída a fundação de uma feitoria no local, muito antes de ser doada como capitania a Pero do Campo Tourinho. Outras capitanias incipientes podem ter existido pelo menos em Pernambuco, Porto Seguro, Rio de Janeiro e São Vicente.
«Na terra de Santa Cruz, o valor e as possibilidades de comércio não justificavam (...) organizações da mesma importância» que as feitorias de Portugal na África. «Mesmo assim, foram instaladas, quer pelos concessionários do comércio do pau-brasil, quer pelo próprio governo português, várias feitorias, postos de resgate onde se concentravam, sob o abrigo de fortificações primitivas, os artigos da terra que as naus vinham buscar. São por demais deficientes até hoje as notícias sobre estas feitorias, Igaraçu, Itamaracá, Bahia, Porto Seguro, Cabro Frio, São Vicente e outras intermediárias, que desapareciam, ora esmagadas pelo gentio, ora conquistadas pelos franceses. Mas o próprio comércio do pau-brasil é uma demonstração de sua existência, e as notícias sobre a década anterior, de 1530, salientam a preocupação do Governo português de defendê-las.» Eram assim postos de resgate de caráter temporário, estabelecimentos efêmeros, assolados por entrelopos e corsários franceses, por selvagens. Por muitos anos cessará todo o interesse de Portugal pelo Brasil. O Brasil ficou ao acaso... Colonizar a nova terra seria dispendioso, sem lucro imediato. Portugal, no auge de sua técnica de navegação, de posse de feitorias fincadas em vastíssimas costas de oceanos, não tinha recursos humanos, com uma população estimada em um milhão de habitantes. Impunha-se uma atitude predominantemente fiscal. Havia o quê? Havia macacos, papagaios, selvagens nus e primitivos. Mas havia pau-brasil...»
«depois das primeiras explorações, as terras do Brasil tornaram-se constante teatro da pirataria universal. Especuladores franceses, alemães, judeus e espanhóis aqui aportam, comerciam com o gentio ou seelvajam-se e com eles convivem em igual barbaria. Os navegadores de todos os pontos aqui se aprovisionam ou se abrigam das tempestades. Aventureiros aqui desembarcam, e vivem à ventura, na companhia de degredados e foragidos. O que procura a corte portuguesa de D. Manuel I são as riquezas do Oriente, e se alguma expedição aqui toca e se demora, (....) não é o Brasil que as atrai mas ainda a fascinação do Oriente.»
A apatia só iria cessar quando D. João III ascendeu ao trono. Na década de 1530, Portugal começava a perder a hegemonia do comércio na África Ocidental e no Índico. Circulavam insistentes notícias da descoberta de ouro e de prata na América Espanhola. Então, em 1532, o rei decidiu ocupar as terras pelo regime de capitanias, mas num sistema hereditário, pelo qual a exploração passaria a ser direito de família. O capitão e governador, títulos concedidos ao donatário, teria amplos poderes, dentre os quais o de fundar povoamentos (vilas e cidades), conceder sesmarias e administrar a justiça. O sistema de capitanias hereditárias implicava na divisão de terras vastíssimas, doadas a capitães-donatários que seriam responsáveis por seu controle e desenvolvimento, e por arcar com as despesas de colonização. Foram doadas aos que possuíssem condições financeiras para custear a empresa da colonização, e estes eram principalmente "membros da burocracia estatal" e "militares e navegadores ligados à conquista da Índia" (segundo Eduardo Bueno em "História de Brasil"). De acordo com o mesmo autor, a sugestão teria sido dada ao rei por Diogo de Gouveia, ilustre humanista português, e respondia a uma "absoluta falta de interesse da alta nobreza lusitana" nas terras americanas.
Foram criadas, nesta divisão, quinze faixas longitudinais de diferentes larguras que iam de acidentes geográficos no litoral até o Meridiano das Tordesilhas, e foram oferecidas a doze donatários. Destes, quatro nunca foram ao Brasil; três faleceram pouco depois; três retornaram a Portugal; um foi preso por heresia (Tourinho) e apenas um se dedicou à colonização (Duarte Coelho em Pernambuco).
Primeira capitania do Maranhão: doada a João
de Barros e Aires da Cunha
Segunda capitania do Maranhão: doada a Fernando Álvares
de Andrade
Capitania do Ceará: doada a António Cardoso
de Barros
Capitania do Rio Grande: doada a João de Barros e
Aires da Cunha
Capitania de Itamaracá: doada a Pero Lopes de Sousa
Capitania de Pernambuco ou Nova Lusitânia: doada a
Duarte Coelho
Capitania da Baía de Todos os Santos: doada a Francisco
Pereira Coutinho
Capitania dos Ilhéus: doada a Jorge de Figueiredo
Correia
Capitania de Porto Seguro: doada a Pero de Campos Tourinho
Capitania do Espírito Santo: doada a Vasco Fernandes
Coutinho
Capitania de São Tomé: doada a Pero de Góis
Capitania do Rio de Janeiro: doada a Martim Afonso de Sousa
Capitania de Santo Amaro: doada a Pero Lopes de Sousa
Capitania de São Vicente: doada a Martim Afonso de
Sousa
Capitania de Santana: doada a Pero Lopes de Sousa
Das quinze capitanias originais, apenas as capitanias de Pernambuco e de São Vicente prosperaram. As terras brasileiras ficavam a dois meses de viagem de Portugal. Além disso, as notícias das novas terras não eram muito animadoras: na viagem, além do medo de "monstros" que habitariam o oceano (na superstição européia), tempestades eram freqüentes; nas novas terras, florestas gigantescas e impenetráveis, povos antropófagos e não havia nenhuma riqueza mineral ainda descoberta. Em 1536, chegou o donatário da capitania da Baía de Todos os Santos, Francisco Pereira Coutinho, que fundou o Arraial do Pereira, na futura cidade do Salvador, mas se revelou mau administrador e foi morto pelos tupinambás. Tampouco tiveram maior sucesso as capitanias dos Ilhéus e do Espírito Santo, devastadas por aimorés e tupiniquins.

Tomé de Sousa
Após o fracasso do projeto de capitanias, o rei João III unificou as capitanias sob um Governo-Geral do Brasil e em 7 de janeiro de 1549 nomeou Tomé de Sousa para assumir o cargo governador-geral. A expedição do primeiro governador chegou ao Brasil em 29 de março do mesmo ano, com ordens para fundar uma cidade para abrigar a sede da administração colonial. O local escolhido foi a Baía de Todos os Santos e a cidade foi chamada de São Salvador da Baía de Todos os Santos. As condições favoráveis da terra, o clima quente, o solo fértil, a excelente posição geográfica, fizeram com que o rei decidisse reverter a capitania para a Coroa (expropriando-a do donatário Pereira Coutinho). As tarefas de Tomé de Sousa eram tornar efetiva a guarda da costa, auxiliar os donatários, organizar a ordem política e jurídica na colônia. O governador organizou a vida municipal, e sobretudo a produção açucareira: distribuiu terras e mandou abrir estradas, além de fazer construir um estaleiro.
Desse modo, o Governo-Geral centralizou a administração colonial, subordinando as capitanias a um só governador-geral que tornasse mais rápido o processo de colonização. Em 1548, elaborou-se o Regimento do Governador-Geral, que regulamentava o trabalho do governador e de seus principais auxiliares - o ouvidor-mor (Justiça), o provedor-mor (Fazenda) e o capitão-mor (Defesa).
O governador também levou ao Brasil os primeiros missionários católicos, da ordem dos jesuítas, como o padre Manuel da Nóbrega. Por ordens suas, ainda, foram introduzidas na colônia as primeiras cabeças de gado, de novilhos levados de Cabo Verde.
Ao chegar à Bahia, Tomé de Sousa encontrou o velho Arraial do Pereira com seus moradores, e mudaram o nome do local para Vila Velha. Também moravam nos arredores o náufrago Diogo Álvares "Caramuru" e sua esposa Paraguaçu (batizada como Catarina), perto da capela de Nossa Senhora das Graças (hoje o bairro da Graça, em Salvador). Consta que Tomé de Sousa teria pessoalmente ajudado a construir as casas e a carregar pedras e madeiras para construção da capela de Nossa Senhora da Conceição da Praia, uma das primeiras igrejas erguidas no Brasil.
Em 1553, a pedidos, Tomé de Sousa foi exonerado do cargo e substituído por Duarte da Costa, fidalgo e senador nas Cortes de Lisboa. Em sua expedição foram também 260 pessoas, incluindo seu fiho, Álvaro da Costa, e o então noviço José de Anchieta, jesuíta basco que seria o pioneiro na catequese dos nativos americanos. A administração de Duarte foi conturbada. Já de início, a intenção de Álvaro em escravizar os indígenas, incluindo os catequizados, esbarrou na impertinência de Dom Pero Fernandes Sardinha, primeiro bispo do Brasil. O governador interveio a favor do filho e autorizou a captura de indígenas para uso em trabalho escravo. Disposto a levar as queixas pessoalmente ao rei de Portugal, Sardinha partiu para Lisboa em 1556 mas naufragou na costa de Alagoas e acabou devorado pelos caetés antropófagos.
Durante o governo de Duarte da Costa, uma expedição de protestantes franceses se instalou permanentemente na Guanabara e fundou a colônia da França Antártica. Ultrajada, a Câmara Municipal da Bahia apelou à Coroa pela substituição do governador. Em 1556, Duarte foi exonerado, voltou a Lisboa e em seu lugar foi enviado Mem de Sá, com a missão de retomar a posse portuguesa do litoral sul.
O terceiro Governador-Geral, Mem de Sá (1558-1572), deu continuidade à política de concessão de sesmarias aos colonos e montou ele próprio um engenho, às margens do rio Sergipe, que mais tarde pertenceria ao Conde de Linhares (o Engenho de Sergipe do Conde), tornando-se um dos mais famosos da América Portuguesa.
Para enfrentar os huguenotes de Nicolas Durand de Villegaignon aliados aos tamoios na Guanabara, Mem de Sá aliou-se aos índios temiminós do cacique Araribóia, que povoavam a Ilha do Governador. Seu sobrinho Estácio de Sá comandou a retomada e fundou a cidade do Rio de Janeiro no dia 20 de janeiro de 1565, dia de São Sebastião, mas acabou mortalmente ferido por flechas dos tamoios. A imagem de Estácio flechado e ensangüentado foi misturada à do mártir Sebastião, também morto or flechas, e ainda com a do jovem Rei Sebastião, que anos depois desapareceria no Marrocos, e até hoje é um símbolo da cidade.
Com o desaparecimento de D. Sebastião, Portugal ficou sob união pessoal com a Espanha, e foi governada pelos três reis Filipes (Filipe II, Filipe III e Filipe IV, dos quais se subtrai um número quando referentes a Portugal e ao Brasil). Isso virtualmente acabou com a linha divisória do meridiano das Tordesilhas e permitiu que o Brasil se expandisse para o oeste.
Várias expedições exploratórias do interior (chamado de "os sertões") foram organizadas, fosse sob ordens diretas da Coroa ("entradas") ou por caçadores de escravos paulistas ("bandeiras", donde o nome "bandeirantes"). Estas expedições duravam anos e tinham o objetivo principalmente de capturar índios como escravos e encontrar pedras preciosas e metais valiosos, como ouro e prata. Foram bandeirantes famosos, entre outros, Fernão Dias, Bartolomeu Bueno da Silva (Anhangüera), Raposo Tavares, Domingos Jorge Velho, Borba Gato e Antônio Azevedo.
A União Ibérica também colocou o Brasil em conflito com potências européias que eram amigas de Portugal mas inimigas da Espanha, como a Inglaterra e a Holanda. Esta última atacou e invadiu extensas faixas do litoral, fixando-se principalmente em Pernambuco e na Paraíba por quase vinte anos.