Provavelmente se o quadro político brasileiro dos primeiros anos de República não fosse tão conturbado talvez os episódios de Canudos tivessem outro desenlace. Mas a notícia de que tropas regulares haviam sido desbaratadas pêlos fiéis do Conselheiro fez com que as autoridades e a própria população dos grandes centros urbanos, particularmente do Rio de Janeiro, visse naquilo a mão ardilosa dos monarquistas.
Se por um lado era evidente que o Conselheiro pregava contra a república, estimulando a que não se lhe pagassem tributos e até espantasse os funcionários que representavam a justiça e o casamento civil, não pode-se negar seu conteúdo religioso. Canudos assemelha-se às incontáveis rebeliões religiosas, lideradas por fanáticos, chamados de profetas, que se dizem enviados ou mensageiros dos céus. Reúnem ao seu redor um bando de crentes aos quais é assegurada não só a salvação como muitas vezes a imortalidade.
Repudiam o mundo ao seu redor, denunciado como corrupto e de estar a serviço das forças demoníacas. Só os justos se salvarão. Só aqueles que se dedicam inteiramente as rezas e a comunidade dos crentes serão os eleitos. Seu comportamento erradio e agressivo para com os outros e seu fanatismo militante faz com que se indisponham com o resto da sociedade. Os atritos daí decorrentes, fazem com que a polícia ou a milícia termine por se envolver com eles. As tentativas de apaziguamento fracassam. Eles resistem a qualquer de dispersar. Ao contrário, a presença das autoridades faz com que se aglutinem com maior fervor em torno do profeta. Armam-se. O profeta lhes assegura que caso morram na defesa da Nova Jerusalém, Jesus lhes garantirá a vida por mais mil anos ainda.
Antônio Conselheiro já era uma figura bastante conhecida nos sertões nordestinos desde a década de 1870. Era caixeiro de loja e graças a uma infelicidade pessoal - foi abandonado pela mulher - partiu para uma vida de eremita, cruzando o sertão de cima a baixo. Por onde andava procurava consertar os cemitérios e melhorar as igrejas. A fama das suas prédicas começou a se espalhar e gente miserável começou a segui-lo. Sua aparência assemelhava-se aos profetas bíblicos, com uma vasta cabeleira que lhe caia pelos ombros e vestido com um brim comprido que lhe chegava aos pés e um cajado nas mãos. Parecia um personagem saído diretamente das Velhas Escrituras.
Hostilizado pela maioria dos padres do interior que não lhe suportavam a concorrência e a crescente popularidade, o Conselheiro resolveu, em 1893, isolar-se em Canudos, um lugarejo paupérrimo, nas margens do rio Vasa-barris, no sertão baiano. Rebatizou-a de Monte Santo. Em pouco tempo um fluxo constante de romeiros para lá se dirigiu. O Conselheiro rejeitava a república. Considerava-a coisa satânica por ter instituído o casamento civil. Como a Igreja Católica acomodou-se com a nova ordem, coube a ele liderar a rebeldia. Tratava-se de constituir um outra sociedade, onde os princípios dogmáticos da religião seriam estritamente obedecidos. Não se bebia em Canudos, e o maior delito era não comparecer as rezas coletivas. Também serviu de abrigo a marginais e bandidos que lá procuravam refúgio e de onde saíam para novos barbarismos.
Em pouco tempo o Conselheiro formou uma espécie de pequeno estado dentro do estado. As autoridades fizeram então uma frente. Coronéis assustados com a fuga de mão de obra e com os surgimento de uma outra liderança aproximaram-se da igreja que via nele um herético. Um desentendimento com um lugarejo vizinho foi o pretexto que as autoridades aguardavam para mandar intervir militarmente. No início de novembro de 1896 uma força de 100 praças, sob o comando do Ten. Manuel Ferreira, foi enviada para Juazeiro e depois para Uauá onde é destroçada pelo ataque dos jagunços em 21 de novembro.
Foram necessárias mais três expedições militares, a última com quase 5 mil homens e artilharia para submeter a "Tróia de taipa". A população lutou até o fim. Umas 300 mulheres, velhos e crianças se renderam. Os homens sobreviventes foram degolados e os que resistiram até o fim foram baionetados numa luta corpo-a-corpo que se travou dentro do arraial, no dia do assalto final, em 5 de outubro de 1897. Antônio Conselheiro, morto em 22 de setembro, teve seu corpo exumado e sua cabeça decepada para estudos frenológicos. O Gen. Artur Oscar determinou que os 5.200 casebres fossem pulverizados a dinamite. E assim, onze meses depois do entrevero de Uauá, terminou Canudos.
4 a 21 de novembro de 1896 Governador da Bahia ordena expedição para defesa de Juazeiro ameaçada pelos jagunços de Antônio Conselheiro. Expedição com 100 praças comandada pelo ten. Manuel Ferreira. Segue até Uauá onde é derrotada na madrugada pelos jagunços no dia 21 de outubro. O médico enlouquece. Retirada para Juazeiro.
25 de outubro de 1896 a 20 de janeiro de 1897 Comandada pelo Major Frebônio de Brito, com 543 praças e 14 oficiais e 3 médicos. Travessia do Cambaio, primeiro e segundo combate. Mais de 400 jagunços mortos. Retirada em frente a Canudos, para Monte Santo. Militares vaiados. Debandada geral.
8 de fevereiro a 3 de março de 1897 Expedição Moreira César. Chega a Queimadas com 1.300 homens. Chega a Monte Santo e dali para Canudos. Assalto ao arraial em 2 de março. Morte de Moreira César. Expedição dissolvida bate em retirada.
16 de junho a 5 de outubro de 1897 Expedição comandada pelo Ge. Artur Oscar, dividida em duas colunas (gen. João Barbosa e Amaral Savaget), uma com 1.933 homens e a outra com 2.350. Combate de Cocorobó. Duas colunas chegam a Canudos.
Assalto ao arraial: 947 baixas. Chegam reforços de 2 brigadas da Bahia. Bombardeio sobre Canudos. Combate de Coxomongo. Morre Antônio Conselheiro no dia 22. No dia 24 de setembro Canudos encontra-se sitiada. Assalto final em 1º de outubro: 567 baixas. 300 prisioneiros (mulheres, velhos e crianças), dia 5 morrem os 4 últimos resistentes. As 5.200 casas são dinamitadas. Nenhum outro episódio da história nacional até então ocorrido (Inconfidência mineira, independência, Revolta dos Cabanos, a Sabinada, a Praieira, a Revolução Farroupilha, etc...) gerou um relato literário e épico da dimensão de "Os Sertões" de Euclides da Cunha, publicado em 1902. Euclides havia sido enviado em setembro de 1897 para cobrir pelo jornal "O Estado de São Paulo" os acontecimentos de Canudos. Lá chegando resolveu torná-lo tema de um livro. Sua idéia era inserir aquele conflito nos fins de mundo do Brasil no cenário dos grandes enfrentamentos históricos. Numa luta titânica de raças, num combate entre o progresso e o atraso. Percebeu o conflito primeiramente como uma Vendéia ("a nossa Vendéia"), aquela rebelião reacionária - de padres, nobres e camponeses católicos - que eclodiu na Bretanha em 1793, contra o governo republicano-jacobino durante a Revolução Francesa.
Mas viu também a oportunidade de estudar e conhecer o Brasil. Concentrou sua atenção em revelar o conflito entre o litoral brasileiro, urbano, pré-industrial, semi-capitalista, europeizado, predominantemente branco e racionalista, contra o sertão mestiço, povoado por uma sub-raça miserável e sujeita - devido as inclemências do clima - às influências do fanatismo religioso, vivendo num universo místico e enfeitiçado por superstições atávicas, crentes em milagres e em espantosos taumaturgos, Euclides achava que a campanha contra Canudos simbolizava de certa forma a tentativa de civilizar o sertão ainda que fosse "a pranchaços".
Na primeira parte do livro - a Terra - ele procura descrever o cenário geográfico em que surge o sertanejo. Faz uma erudita exposição dos elementos geo-climáticos que compõe o sertão. Profundamente influenciado pelo historiador positivista Hippolyte Taine (1828-1893), que propunha uma abordagem do comportamento humano condicionado pela raça, pelo meio e pelas circunstâncias (la race, le milieu et le moment), Euclides acredita - na sua segunda parte, dedicada ao Homem - que a intensa miscigenação é a principal responsável pelo atraso e pelo fanatismo do sertanejo, na medida em que termina por produzir uma sub-raça. Mas mesmo assim ele não poupa louvores a bravura da gente do sertão em conseguir sobreviver numa região tão inóspita, flagelada pela fome e pela seca - "o sertanejo antes de tudo é um forte!"
Na terceira parte - a Luta - dedicada ao combate entre as forças regulares do exército e as hordas dos jagunços é que brota a espantosa prosa épica de Euclides. O relato dos enfrentamentos, dos entreveros, os sítios, o combate corpo-a-corpo, a valentia e a covardia, os sofrimentos e a incrível narrativa final da destruição de Canudos, tornam-se páginas dignas de figurar entre a melhor literatura do mundo, no mesmo nível de Homero ou do "Guerra e paz" de Tolstoi.
Em primeiro lugar "Os Sertões" é uma obra de arte literária. Apesar dos esforços de Euclides em se tornar o primeiro pensador do país, seu livro perdura nos tempos por ser geográfico e racial, hoje estão desacreditados. Restou portanto a qualidade narrativa e o estilo ímpar dele. É uma obra fechada. Euclides não fez uma escola como Machado de Assis. Sua prosa foi esculpida exatamente para escrever aquele tipo de livro e nenhum outro mais. Também os críticos debatem sobre que tipo de livro e nenhum outro mais. Também os críticos debatem sobre que tipo de gênero literário classifica-se "Os Sertões". Pode ser lido como uma grande crônica, um diário de guerra, um tratado histórico, um ensaio antropológico-sociológico, uma peça literária e até como um discurso forense. Nele encontramos todos os elementos literários - a lírica, a epopéia e a dramática - onde palavras desusadas e arcaicas encontram-se misturadas com o linguajar popular e com expressões cientificas.
Ele tentou olhar o sertão e seus habitantes com as lunetas de um cientista mas recorreu a um estilo dramático para exprimir sua emoção. Euclides é o nosso Homero. Realizou o grande épico nacional. Mas não é popular como Homero o foi. E a razão é de que ele não dirigiu-se ao povo, mas sim as elites. Seu livro aos poucos vai tomando a forma de uma denúncia. Do absurdo da guerra ("Além disso a guerra é uma coisa monstruosa e ilógica em tudo") em si até indignar-se com os barbarismos cometidos pelas tropas contra aqueles pobres-diabos ("Ademais entalhava-se o cerne da nacionalidade. Atacava-se a fundo a rocha viva da nossa raça. Vinha de molde a dinamite. Era uma consagração").
Seu objetivo era apelar às elites brasileiras para que tivessem uma compreensão melhor dos sertanejos. Ao descrever seu espaço e seus costumes,. ao relatar suas dificuldades e seu infeliz destino biológico, ele espera atenuar o preconceito contra os bárbaros interioranos, isolados do mundo a trezentos anos. Da mesma maneira que Cesare Lombroso (1836-1909) encontrara nos traços fisionômicos dos marginais os sinais de delinqüência e de degenerescência moral, Euclides, ao descrever o sertanejo como resultado da seca, do solo áspero e esturrado, da fome endêmica e da excessiva miscigenação, queria demonstrar que o resultado final não poderia ser outro.
Conforme o livro vai se aproximando do final, cresce nele a sensação de que a guerra contra os jagunços foi um grande equivoco, que afinal de contas era uma guerra fratricida e que de certa forma o litoral - civilizado e racional - apunhalava a própria essência do país ao destruir com o arraial e seus moradores.
A obra no entanto não teve conseqüências políticas. Foi vista mais como uma obra-prima do que um manifesto a favor da tolerância para com os desgraçados do campo.