A primeira reação brasileira foi enviar uma expedição para combater os invasores em Mato Grosso. A coluna de 2.780 homens comandados pelo coronel Manuel Pedro Drago saiu de Uberaba, em Minas Gerais, em abril de 1865, e só chegou a Coxim em dezembro do mesmo ano, após uma difícil marcha de mais de dois mil quilômetros através de quatro províncias do Império. Mas encontrou Coxim já abandonada pelo inimigo. O mesmo aconteceu em Miranda, onde chegou em setembro de 1866. Em janeiro de 1867, o coronel Carlos de Morais Camisão assumiu o comando da coluna, reduzida a 1.680 homens, e decidiu invadir o território paraguaio, onde penetrou até Laguna, em abril. Esta expedição ficou famosa pela retirada forçada que empreendeu, perseguida pela cavalaria paraguaia.
Apesar dos esforços da coluna do coronel Camisão e da resistência organizada pelo presidente da província, que conseguiu libertar Corumbá em junho de 1867, a região invadida permaneceu sob o controle dos paraguaios. Só em abril de 1868 é que os invasores se retiraram, transferindo as tropas para o principal teatro de operações, no sul do Paraguai.
Foi no setor naval que o Brasil, mais bem preparado, infligiu, logo no primeiro ano de guerra, uma pesada derrota aos paraguaios na batalha do Riachuelo.
Na bacia do rio da Prata as comunicações eram feitas pelos rios; quase não havia estradas. Quem controlasse os rios ganharia a guerra. Todas as fortalezas paraguaias tinham sido construídas nas margens do baixo curso (parte do rio perto de sua foz) do rio Paraguai.
Batalha do Riachuelo
Em 11 de junho de 1865, travou-se a Batalha Naval do Riachuelo, na qual a esquadra comandada pelo chefe-de-divisão Francisco Manuel Barroso da Silva derrotou a esquadra paraguaia cortando as comunicações com o general paraguaio Estigarribia, que estava atacando o Rio Grande do Sul, obrigando-o a render-se em Urugaiana sob a presença de Pedro II, Mitre e Flores. Nesta batalha foi destruído o poderio naval paraguaio, tornando-se impossível a permanência dos paraguaios em território argentino. Ela praticamente decidiu a guerra em favor da Tríplice Aliança, que passou a controlar, a partir de então, os rios da bacia platina até a entrada do Paraguai.
Combate Naval de Riachuelo, de Victor Meirelles.
Enquanto López ordenava o recuo das forças que ocuparam Corrientes, o corpo de tropa paraguaio que invadira São Borja avançava, tomando Itaqui e Uruguaiana. Uma divisão que dele se separara e marchava em direção ao Uruguai, sob o comando do major Pedro Duarte (3.200 homens), foi derrotada por Flores na Batalha de Jataí, na margem direita do rio Uruguai.
Nessa altura, as tropas aliadas estavam-se reunindo sob o comando de Mitre no acampamento de Concórdia, na província argentina de Entre Ríos, com o marechal-de-campo Manuel Luís Osório à frente das tropas brasileiras. Parte destas deslocou-se para Uruguaiana, onde foi reforçar o cerco a esta cidade pelo exército brasileiro no Rio Grande do Sul, comandado pelo tenente-general Manoel Marques de Souza, barão de Porto Alegre. Os paraguaios renderam-se no dia 18 de Setembro de 1865.
Nos meses seguintes foram reconquistados os últimos redutos paraguaios em território argentino: as cidades de Corrientes e de São Cosme. No final do ano de 1865, a ofensiva era da Tríplice Aliança. Seus exércitos já contavam mais de 50 mil homens e se preparavam para invadir o Paraguai.
Marechal-de-Exército Manuel Luís Osório, patrono da cavalaria.
A invasão do Paraguai foi feita seguindo o curso do rio Paraguai, a partir do Passo da Pátria, onde Osório desembarcou à frente de um destacamento brasileiro. De abril de 1866 a julho de 1868, as operações militares concentraram-se na confluência dos rios Paraguai e Paraná, onde estavam os principais pontos fortificados dos paraguaios. Durante mais de dois anos o avanço dos invasores foi bloqueado naquela região, apesar das primeiras vitórias da Tríplice Aliança.
A primeira fortificação a ser tomada foi a de Itapiru. Após os combates do Passo da Pátria e do Estero Bellaco (2 de Maio), as forças aliadas acamparam nos pântanos de Tuiuti, onde foram atacadas. A primeira batalha de Tuiuti, a maior batalha campal da história da América do Sul e um dos mais importantes e sangrentos combates da Guerra do Paraguai, foi vencida pelos aliados em 24 de Maio de 1866 e deixou um saldo de 10.000 mortos.
Por motivos de saúde, em julho de 1866 Osório passou o comando do 1.° corpo de exército brasileiro ao general Polidoro da Fonseca Quintanilha Jordão. Na mesma época, chegava ao teatro de operações o 2.° corpo de exército, trazido do Rio Grande do Sul pelo barão de Porto Alegre (dez mil homens).
Batalha de Tuiuti, por Cândido López.
