Em 1761, com a mudança da sede do Governo Geral para o Rio de Janeiro, a Capitania da Bahia perdeu sua importância política, apesar de continuar desenvolvendo-se economicamente e a manter seu crescimento, graças ao comércio estrangeiro bastante intenso. Entretanto, não houve melhoria nas condições de vida da população. O renascimento agrícola, que se verificou a partir de 1770, beneficiou apenas os senhores de engenho e os grandes comerciantes agravando, ainda mais, as contradições sociais.

Contava a Capitania com uma população de aproximadamente 50 mil habitantes, a maioria composta por escravos negros ou alforriados, pardos e mulatos, homens livres e pobres que desempenhavam atividades manuais consideradas desprezíveis pelas elites dominantes.
Essa população pobre, negra, branca e mestiça, sofria com o aumento do custo de vida, com a escassez de alimentos e com o preconceito racial. As agitações eram constantes. Entre 1797 e 1798 ocorreram vários saques aos armazéns do comércio de Salvador, e até os escravos que levavam a carne para o general-comandante foram assaltados. A população faminta roubava carne e farinha. Em inícios de 1798, a forca, símbolo do poder colonial, foi incendiada. O descontentamento crescia também nos quartéis, onde incidentes envolvendo soldados e oficiais tornavam-se freqüentes. Havia, portanto, nesse clima tenso, condições favoráveis para a circulação das idéias de Igualdade, Liberdade e Fraternidade.

Governava a Bahia D. Fernando José de Portugal, que já em 1792 tinha sido advertido sobre os perigos da introdução dos princípios revolucionários que se tinham desenvolvido na França. Notícias da própria Capitania chegavam à Lisboa denunciando a situação inquietante e a agitação da população, fazendo com que se recomendasse ao Governador maior vigilância contra a propagação das "infames idéias francesas."

Com a finalidade de "dar favor e ajuda" aos donatários e centralizar administrativamente a organização da Colônia, o rei de Portugal resolveu criar, em 1548, o Governo Geral. Resgatou dos herdeiros de Francisco Pereira Coutinho a capitania da Bahia de Todos os Santos, transformando-a na primeira capitania real ou da Coroa, sede do Governo Geral. Esta medida não implicou a extinção das capitanias hereditárias e até mesmo outras foram implantadas, como a de Itaparica, em 1556, e a do Recôncavo Baiano, em 1566. No século XVII continuaram a ser criadas capitanias hereditárias para estimular a ocupação do Estado do Maranhão.
Um Regimento instituiu o Governo Geral. O documento detalhava as funções do novo representante do governo português na Colônia. O governador geral passou a assumir muitas funções antes desempenhadas pelos donatários. A partir de 1720 os governadores receberam o título de vice-rei. O Governo Geral permaneceu até a vinda da família real para o Brasil, em 1808.
Tomé de Sousa, o primeiro governador do Brasil, chegou em 1549 e fundou a cidade de Salvador, a primeira da Colônia. Trouxe três ajudantes para ocupar os cargos de: provedor - mor, encarregado das finanças; ouvidor - geral, a maior autoridade da justiça; e o de capitão - mor da costa, encarregado da defesa do litoral. Vieram também padres jesuítas chefiados por Manuel da Nóbrega, encarregados da catequese dos indígenas e de consolidar, através da fé, o domínio do território pela Coroa portuguesa.
O controle da aplicação da justiça e a expansão da fé cristã, ações atribuídas ao Governo Geral, eram expressivas em relação ao momento pelo qual passavam as monarquias européias: o absolutismo e os movimentos decorrentes do surgimento do protestantismo.
Em 1551, no governo de Tomé de Sousa, foi criado o 1º Bispado do Brasil com sede na capitania real, sendo nomeado bispo D. Pero Fernandes Sardinha. Foram também instaladas as Câmaras Municipais, compostas pelos "homens bons": donos de terras, membros das milícias e do clero. Nesse período ainda foi introduzida, nessa capitania, a criação de gado e instalados engenhos. Com essas medidas o governo português pretendia reafirmar a soberania e a autoridade da Metrópole, e consolidar o processo de colonização.
Foi ainda no período do governo de Tomé de Sousa que chegou ao Brasil um considerável número de artesãos. De início trabalharam na construção da cidade de Salvador e, depois, na instalação de engenhos na região. Eles eram mão - de - obra especializada tão necessária na Colônia que a Coroa lhes ofereceu, caso viessem para o Brasil, isenção de pagamento do dízimo pelo mesmo prazo dado aos colonos.
Os governadores seguintes, Duarte da Costa (1553 - 1557) e Mem de Sá (1557 - 1572), reforçaram a defesa das capitanias, fizeram explorações de reconhecimento da terra e tomaram outras medidas no sentido de reafirmar e garantir a colonização. Mas enfrentaram grandes dificuldades: choques com índios e com invasores, especialmente os franceses; conflitos com o bispo, e com os próprios jesuítas que se opunham à escravidão indígena, e entre antigos e novos colonos.

O engenho, a grande propriedade produtora de açúcar, era constituído, basicamente, por dois grandes setores: o agrícola - formado pelos canaviais -, e o de beneficiamento - a casa-do-engenho, onde a cana-de-açúcar era transformada em açúcar e aguardente.
No engenho havia várias construções: a casa-grande, moradia do senhor e de sua família; a senzala, habitação dos escravos; a capela; e a casa do engenho. Esta abrigava todas as instalações destinadas ao preparo do açúcar: a moenda - onde se moía a cana para a extração do caldo (a garapa); as fornalhas - onde o caldo de cana era fervido e purificado em tachos de cobre; a casa de purgar - onde o açúcar era branqueado, separando-se o açúcar mascavo (escuro) do açúcar de melhor qualidade e depois posto para secar. Quando toda essa operação terminava, o produto era pesado e separado conforme a qualidade, e colocado em caixas de até 50 arrobas. Só então era exportado para a Europa. Muitos engenhos possuíam também destilarias para produzir a aguardente (cachaça), utilizada como escambo no tráfico de negros da África.
Canaviais, pastagens e lavoura de subsistência formavam as terras do engenho. Na lavoura destacava-se o cultivo da mandioca, do milho, do arroz e do feijão. Tais produtos eram cultivados para servir de alimento. Mas sua produção insuficiente não atendia às necessidades da população do engenho. Isto porque os senhores não se interessavam pelo cultivo. Consideravam os produtos de baixa lucratividade e prejudiciais ao espaço da lavoura açucareira, centro dos interesses da colonização. As demais atividades eram deixadas num segundo plano, ocasionando grande falta de alimentos e alta dos preços. Esse problema não atingia os senhores, que importavam os produtos da Europa para sua alimentação.
A parte das terras do engenho destinada ao cultivo da cana - o canavial - era dividida em partidos, explorados ou não pelo proprietário. As terras não exploradas pelo senhor do engenho eram cedidas aos lavradores, obrigados a moer sua cana no engenho do proprietário, entregando-lhe a metade de sua produção, além de pagar o aluguel da terra usada (10% da produção).

A expansão da colonização não se deteve na conquista do Ceará. Prosseguindo pelos territórios mais ao norte alcançou a área do Maranhão, ponto estratégico devido à proximidade com a foz do Rio Amazonas - porta atlântica de acesso às minas peruanas e motivo de grandes preocupações para a administração filipina.
Filipe II (1598 - 1621) incentivou o avanço dos portugueses em direção àquela área pois, assim, afastava-os do Rio da Prata, o outro acesso às minas peruanas.
As preocupações do monarca procediam, já que a importância do local despertara a atenção da França.
Em 1612, aguçados pelo sucesso da atividade açucareira, comerciantes e nobres franceses se associaram em um empreendimento comercial. Contando com o incentivo do rei, tentaram organizar uma colônia no Brasil, a França Equinocial, em um vasto território ainda não ocupado pelos portugueses - o atual estado do Maranhão.
A expedição francesa, comandada por Daniel de La Touche, fundou o Forte de São Luís, em homenagem ao rei da França, e que deu origem à cidade de São Luís, hoje capital do Maranhão.
Ante a ameaça de perderem parte da sua Colônia, portugueses e espanhóis se uniram para enfrentar os invasores. Após inúmeros combates os franceses renderam-se, desistindo do Maranhão (1615). Entretanto, conseguiram uma indenização que compensava as perdas que entendiam ter tido.
Ciente das dificuldades para a ocupação do Grão-Pará, como a inexistência de caminhos regulares e seguros, a política filipina assumiu como finalidade principal, tanto por meio de ações guerreiras quanto por meio do povoamento, garantir o monopólio ibérico na área. Assim, no Natal de 1615 acontecia uma investida em direção à foz do chamado "Rio das Amazonas", liderada por Francisco Caldeira Castelo Branco, que participara da luta contra os franceses no Maranhão. No início de 1616, cumprindo ordens do governador geral, os colonizadores construíram um forte de madeira, que chamaram de Presépio, origem da atual cidade de Belém. O local, estratégico, permitia controlar qualquer investida estrangeira. Auxiliados pelos índios Tupinambás, construíram uma igreja e algumas habitações, estabelecendo um núcleo inicial de povoamento, o de Nossa Senhora de Belém.
Em meados de 1617 começaram a chegar homens e equipamentos, tanto da capitania de Pernambuco, como do Reino, para garantir o fortalecimento daquele núcleo urbano. Entre eles, frades franciscanos incumbidos da catequese dos nativos. Entretanto, este processo de ocupação ocorria em meio a questões que envolviam choques entre os colonizadores e os colonos e a presença de estrangeiros comerciando com tribos da área. Ingleses e holandeses chegaram a construir fortes em pontos ribeirinhos do Amazonas, gerando conflitos que exigiram, além de providências do Reino, a mobilização da população local. Isto incluía os índios aldeados coordenados pelos franciscanos.
Fonte: www.multirio.rj.gov.br